Múzeum v oblasti ochrany prírody a jaskyniarstva plní tieto úlohy:

• buduje zbierky a fondy získavaním múzejných zbierkových predmetov a archívnych zbierok a fondov z oblasti svojho odborného zamerania a špecializácie, • eviduje a dokumentuje zbierky, spolupracuje pri budovaní centrálnej evidencie múzejných zbierok Slovenskej republiky, eviduje osobitne chránené časti prírody a krajiny, vrátane dokumentácie jaskýň a krasových javov v Slovenskej republike, • odborne spravuje a sprístupňuje zbierky v súlade so všeobecne záväznými právnymi predpismi, • prostredníctvom edičnej, vydavateľskej, propagačnej a popularizačnej činnosti zverejňuje výsledky odbornej práce v oblasti ochrany prírody a jaskyniarstva, • rieši vlastné výskumné úlohy a podieľa sa na vedeckovýskumnej práci iných inštitúcií, • umožňuje štúdium vo svojich zbierkach, v dokumentácii v archíve v rámci vedeckovýskumnej činnosti odborníkov iných inštitúcií so zameraním na ochranu prírody a jaskyniarstvo a v knižnici, • sprístupňuje zbierky a výsledky svojej činnosti formou dlhodobých alebo krátkodobých výstav a expozícií a putovných výstav, • umožňuje vystavovať iným inštitúciám a súkromným osobám vo svojich výstavných priestoroch, • buduje odbornú knižnicu, dokumentáciu a verejný špecializovaný archív, ktoré tvoria primárnu bázu pre jeho odbornú činnosť, • vykonáva marketing a lektorskú činnosť v expozíciách a na výstavách, • poskytuje odborné konzultácie v súlade so svojim zameraním, • podieľa sa na environmentálnej výchove aj mimo priestorov múzea (predškolské zariadenia, školy, kultúrne inštitúcie, správy národných parkov a chránených krajinných oblastí, vstupné areály jaskýň a iné), • zabezpečuje edičnú, vydavateľskú a propagačnú činnosť v oblasti ochrany prírody a krajiny, • poskytuje informačné a propagačné služby pre iné subjekty a výnosy z nich využíva na svoj rozvoj, • organizuje alebo napomáha činnosti združení občanov, spolkov, krúžkov, vedeckých spoločností a iných právnických alebo fyzických osôb, ktorých činnosť súvisí s poslaním múzea.

Z dôvodu rekonštrukcie historickej budovy múzea a expozícií na Školskej ulici sa tu v súčastnosti nachádzajú dve expozície na Ulici 1. mája. V expozícii Kras a jaskyne Slovenska sú vystavené speleologické, etnografické, historické a archeologické zbierky. V expozícii Fauna biotopov Slovenska sú predstavené jednotlivé biotopy Slovenska a vybrané druhy fauny, ktoré obývajú tieto biotopy.

Múzeum usporiadáva výstavy a prednášky s tematikou ochrany prírody a jaskyniarstva. Nachádza sa tu špecializovaná knižnica a múzejný archív.

Z dôvodu rekonštrukcie budovy múzea na Školskej ul. 4 budú expozície Chránená fauna, Chránená flóra a Minerály – výskyt, využitie, ochrana uzatvorené pre verejnosť od 11. 3. 2011 do 31. 7. 2013 Pre verejnosť sú prístupné expozície múzea Kras a jaskyne Slovenska a Fauna biotopov Slovenska na Ulici 1. mája 38